Precalentamos el horno a 220 ºC.
Lavamos las berenjenas y los calabacines y los cortamos en rodajas, las berenjenas como de ½ cm de grosor y los calabacines un poco más gruesos.
Pelamos las cebollas, las partimos por la mitady las cortamos en rodajas.
Lavamos los pimientos, los despepitamos y los cortamos en cuadrados o en tiras.
Pelamos los ajos y los cortamos gruesos.
Colocamos todas las verduras en una bandeja de horno y las sazonamos con tomillo, sal, pimienta y un chorrito de aceite, las embadurnamos bien con las manos y las metemos en el horno, durante unos 30 o 35min, dándoles la vuelta a mitad del tiempo.
Mientras tanto, en un bol batimos los huevos con el yogur y un poco de sal y pimienta, hasta obtener una mezcla homogénea, y reservamos.
Sacamos las verduras del horno, pero dejamos el horno encendido bajando la temperatura a 180º C.
Montamos la mousaka. En una fuente para horno, colocamos la mitad de las verduras asadas, cubrimos con el tomate triturado y sazonamos ligeramente con un poco de sal y un chorrito de aceite de oliva virgen extra. Añadimos el resto de verduras y cubrimos con la mezcla de huevos y yogur.
Distribuimos por encima el queso feta desmenuzado y metemos al horno durante unos 30 min. Cuando esté dorada por encima y cuajada la capa superior, estará lista.